Litigios que ha Tenido Goascorán
Primero: Con el Municipio de Alianza (1865-1870)
Teniendo en cuenta que el municipio de Alianza no existe legalmente porque Goascorán tiene los títulos de propiedad que abarca el 100% donde se ubica.
Lo que es Alianza era una aldea de Goascorán que en ese tiempo se hacia llamar nueva Alianza donde la población se organizo haciendo la gestión para la construcción de una iglesia y de una escuela primaria. En el año 1844 ese mismo solicito al gobierno de ese entonces la creación del municipio que en respuesta le solicitaron que había que tener 4 requisitos fundamentales: 1 iglesia, 1 escuela, territorio y 1000 habitantes de los cuales 2 de estos aspectos no los cumplían.
Primer aspecto: El Territorio esta compuesto por la hacienda de Mogolla que es propiedad legitima de Goascorán por la compra del gobierno de Comayagua le hizo a los propietarios quedando como legitimo dueño la villa de Goascorán.
Segundo Aspecto: no tenia los1000 Habitantes pero aun así el gobierno a través del ministerio de guerra autorizado a través de la gobernación política con sede en Nacaome dando instrucciones para que se juramentara una corporación municipal compuesta por un alcalde un sindicato y un regidor que fueron juramentados por el gobernador político mientras tanto se emitía el decreto que constituía a la aldea nueva Alianza como municipio el cual Goascorán alegando ser dueño legitimo de los terrenos donde esta ubicado Alianza la gobernación política le autorizo y le faculto a la municipalidad de alianza el uso de 2km de norte a sur por 6km de oriente a poniente con colindancias al norte con la aldea de las animas calle provincia al sur con las cercas de púas que colindaban a la costa de los amates con la puerta nacional al oriente con el caserío la laguna y al poniente con el rió Goascorán por ende Alianza se queda sin titulo de municipio.
Segundo: Con la Republica de El Salvador (1991)
Los títulos que fueron comprados a la corona española sirvieron al gobierno de Honduras cuando estaba en litigio el bolsón de Goascorán con la republica de El Salvador en la corte interamericana de la Haya en Holanda para demostrar su legitimidad territorial.